Het EOG zal bestaan uit een Gerecht van Eerste Aanleg en een Hof van Beroep en een besluit van het EOG is van toepassing in alle deelnemende lidstaten. Dat betekent dat uitspraken van het EOG in alle deelnemende landen kunnen worden afgedwongen. Het betekent ook dat een gewonnen herroepingsprocedure in meerdere landen tot octrooiverlies leidt. Hoe u zich kunt voorbereiden op het nieuwe systeem leest u hier
Het Gerecht van Eerste Aanleg zal over centrale afdelingen in Parijs en München beschikken. De werkzaamheden die oorspronkelijk aan de centrale afdeling te Londen waren opgedragen, worden herverdeeld. De zaken worden als volgt over de verschillende afdelingen verdeeld naargelang van het technische gebied:
Het is nog niet duidelijk of de centrale afdeling in Londen naar een ander EU-land zal worden overgeheveld, dan wel of Parijs en München alleen verder zullen gaan.
De meeste geschillen zullen echter voorgelegd moeten worden aan een lokale of regionale afdeling. Deze lokale en regionale afdelingen worden opgezet in landen die daartoe besluiten. In Nederland komt er een lokale afdeling in Den Haag en België krijgt een lokale afdeling in Brussel.
Het Hof van Beroep wordt gevestigd in Luxemburg. En tot slot kunnen vragen met betrekking tot de interpretatie van het nieuwe wettelijke systeem worden verwezen naar het Europese Hof van Justitie.
Partijen kunnen zich voor het EOG laten vertegenwoordigen door bevoegde advocaten of door Europese Octrooigemachtigden met een passend certificaat van pleitbevoegdheid. Octrooiadvocaten die niet over zo'n certificaat beschikken mogen hun cliënten ook voor het EOG vertegenwoordigen. Voor octrooihouders is het voordeel hiervan dat ze dezelfde vertegenwoordiger hebben bij zowel het EOB als het EOG.
Veel praktische aangelegenheden voor het gerecht, zoals het bestuur, het budget en de opleiding van de rechters, zijn in het laatste stadium van voorbereiding door het Voorbereidend Comité.