Het Ministerie van Financiën is verantwoordelijk, maar de regeling is nauw verwant aan innovatie en ondernemen wat onder het Ministerie van Economische Zaken valt. Het deel van de winst die valt onder de Innovatiebox wordt belast met 7% Vpb in plaats van de normale belastingtarief die 20%/25% bedraagt. U kunt hiermee dus veel voordeel behalen.